พิพิธภัณฑ์การแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร อยู่ในตึกเจ้าพระยาอภัยภูเบศร ซึ่งเดิมเป็นตึกอำนวยการ มีการดัดแปลงชั้นล่างเป็นห้องตรวจโรค ห้องจำหน่ายยา และห้องผ่าตัด ชั้นบนทำหน้าที่รับคนไข้หญิง โดยตึกได้ถูกใช้งานเป็นโรงพยาบาลจนถึงปี พ.ศ.2512 เมื่ออาคารตึกอำนวยการหลังปัจจุบันได้ก่อสร้างเสร็จ โรงพยาบาลจึงใช้ตึกเจ้าพระยาอภัยภูเบศรในการประชุมสัมมนาในบางกรณี จนกระทั่งปี พ.ศ.2533 กรมศิลปากร ได้ประกาศขึ้นทะเบียนตึกเจ้าพระยาอภัยภูเบศรเป็นโบราณสถาน และได้รับรางวัลสถาปัตยกรรมดีเด่นประเภทอาคาร จากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารี ในปี พ.ศ.2537 โรงพยาบาลจึงจัดทำโครงการพิพิธภัณฑ์การแพทย์แผนไทย เพื่อให้เป็นแหล่งการศึกษา ค้นคว้า อ้างอิงรวบรวมการอนุรักษ์ตำรายาไทย การแพทย์ไทย การแพทย์พื้นบ้านของจังหวัดปราจีนบุรี รวมทั้งมีการดำเนินการเผยแพร่ความรู้ดังกล่าวให้กว้างขวางยิ่งขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนจากนายแพทย์ไพโรจน์ นิงสานนท์ อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ให้มีการดำเนินการจัดส่วนแสดงนิทรรศการถาวร ประกอบด้วย 1. ห้องแนะนำการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร 2. ห้องประวัติศาสตร์ 3. ห้องท้องพระโรง 4. ห้องการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร 5. ห้องปูมเมืองปราจีนบุรี 6. ห้องไม้กฤษณา 7. ห้องหมอหลวง(หมื่นชำนาญแพทย์) 8. ห้องเก็บตำรา 9. ห้องประวัติการพัฒนาสมุนไพรอภัยภูเบศร 10. ห้องประวัติโรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศร 11. ห้องโถงกลาง